Sommige bedrijven die te dicht tegen natuurgebied aanliggen kunnen de flora in de Ecologische HoofdStructuur (EHS) aantasten, met name in de voor verzuring gevoelige gebieden (die overigens niet staan ingetekend). De verspreiding van nitraat in het oppervlakte water in relatie tot de voor verzuring gevoelige gebieden vindt u hier. Deze belasting is het gevolg van ammoniakdepositie uit de mest. Ammoniak maakt ruim 2/3 deel van de totale stikstofdepositie uit. Uit het meetnet korstmossen blijkt ook dat het zwaartepunt van de ammoniakbelasting ligt in het zuidelijke deel van het Zuidelijk Westerkwartier met een indicatie voor een ernstige tot zeer ernstige verontreiniging met ammoniak. Klik hier voor een foto-impressie van verzuring in het gebied.

Uit gegevens van het RIVM blijkt dat de veehouderij in het Zuidelijk Westerkwartier relatief het meest bijdraagt aan de vervuiling van het Noorden.

In het kader van het provinciale beleid worden 2 zones getrokken rond de EHS.

1. 0 tot 250 meter rondom zeer kwetsbare natuurgebieden
2. 250 tot 500 meter rondom zeer kwetsbare natuurgebieden en 0 tot 500 meter rondom kwetsbare gebieden.

Zone 1 wordt getrokken rond gebieden in de EHS die zeer kwetsbaar zijn voor verzuring, met name eikenbossen op arme grond, vennen, heide- en hoogveengebieden. Het is de bedoeling dat Zone 1 veearm wordt en dat intensieve veehouderijen uit deze zones verdwijnen.
Zone 2 geldt voor schrale graslanden, petgaten en de meeste bosgebieden.

Voor alle intensieve veehouderijen geldt dat als ze willen uitbreiden tot boven de 3000 mestvarkenseenheden, zij aan een Milieu Effect Rapportage-toets moeten voldoen volgens de IAV-richtlijnen. Boven de 2000 mve moeten ze aan een eenvoudiger milieutoets voldoen.

Animal Freedom vindt dat alle bestaande veehouderijen moeten omschakelen naar ecologische bedrijfsvoering en dat bedrijven die in of binnen 250 meter afstand van de EHS liggen, moeten worden gesloten. Dus niet alleen in de meest kwetsbare delen van de EHS, zoals de provincie en de ministeries willen. Bovendien moeten volgens Animal Freedom ook buiten de EHS de kwetsbare natuurgebieden beschermd blijven worden. Volgens het nieuwe rijksbeleid zou dat niet langer het geval zijn.

Zie ook de bezwaren tegen bio-industrie in het algemeen en het mestoverschot in het Noorden van het land.